Setelah kematian orang tuanya, Yuuto Amakawa menjalani kehidupan yang cukup biasa di kota. Satu-satunya masalah yang harus ia khawatirkan saat bersekolah bersama Rinko, tetangga sebelahnya, adalah alergi kucingnya. Semua itu berubah pada ulang tahunnya yang keenam belas, ketika seorang Ayakashi makhluk supernatural menyerangnya karena dosa leluhurnya. Untungnya, ia diselamatkan oleh Himari, seorang wanita kucing misterius bersenjatakan pedang, yang menjelaskan bahwa Yuuto adalah keturunan dari keluarga pembasmi iblis, dan ia hadir untuk melindunginya karena jimat yang menyembunyikannya dari kekuatan supernatural dunia telah kehilangan kekuatannya.
Omamori Himari mengisahkan hubungan Yuuto dengan berbagai kekuatan dunia supernatural, serta semakin banyaknya wanita yang muncul di depan pintunya, masing-masing dengan hasrat gelap mereka sendiri. Akankah Yuuto mampu menyesuaikan diri dengan lingkungan barunya yang “menyenangkan”? Atau akankah arwah masa lalunya (leluhurnya) menyusulnya?
