Manusia telah lama mencemari lautan, membuang sampah sembarangan, dan menodai perairan yang menjadi rumah bagi banyak makhluk. Para penghuni laut telah menderita di tangan mereka yang meracuni. Akhirnya, seekor cumi-cumi tertentu merasa muak dan bersumpah untuk menghukum tindakan egois manusia.
Memiliki semua kemampuan menakutkan seekor cumi-cumi seperti tentakel rambut yang kuat, kemampuan untuk menyemburkan tinta, dan bahkan menggunakan bioluminesensi sesuka hati, Ika Musume bertekad untuk bangkit dari dasar laut dan membalas dendam kepada umat manusia! Ia muncul di sebuah Lemon Beach House, sebuah restoran yang dikelola oleh dua bersaudara Eiko dan Chizuru Aizawa. Mengira mereka adalah langkah pertama yang mudah menuju dominasi dunia, ia segera menyatakan perang terhadap mereka, hanya untuk mengetahui bahwa ia, secara harfiah, adalah ikan yang keluar dari air! Lebih parah lagi, ia menghancurkan sebagian dinding rumah pantai dalam upaya untuk memamerkan keunggulannya sebagai cumi-cumi dan akibatnya terpaksa menjadi pelayan untuk membayar biaya perbaikan. Terdampar untuk sementara waktu setelah merasakan kekalahan telak di tangan Aizawa bersaudara, Ika Musume terpaksa menunda rencananya untuk menguasai dunia.
Meskipun mengalami kemunduran ini, Ika Musume segera merasa nyaman dengan posisi tak terduganya sebagai karyawan baru Lemon Beach House. Konyol dan lucu, Shinryaku! Ika Musume mengikuti kehidupan barunya di permukaan sambil menciptakan kenangan berharga dan bertemu banyak orang baru. Bersama kenalan-kenalan barunya, Ika Musume ingin menaklukkan dunia, satu demi satu spageti tinta cumi!
