Toys adalah kekuatan yang diberikan kepada mereka yang dipilih untuk menggunakannya, masing-masing memiliki kualitas yang unik bagi penggunanya. Beberapa dari individu ini dilahirkan murni, menggunakan kekuatan mereka untuk menjadi detektif. Yang lain mekar dicampur dengan racun dan memilih untuk menjadi pencuri hantu. Kedua faksi yang berlawanan ini menyebabkan terbentuknya berbagai akademi detektif di seluruh dunia—melatih detektif untuk melawan dan menangkap pencuri hantu.
Sherlock Shellingford, Nero Yuzurizaki, Hercule Burton, dan Cordelia Glauca membentuk “Milky Holmes”, sebuah kelompok yang diakui sebagai krim tanaman di Akademi Detektif Holmes yang berbasis di Yokohama. Namun, dalam pertempuran melawan pencuri hantu Arsene, Mainan mereka tiba-tiba menghilang, menganggap mereka tidak layak untuk melanjutkan sebagai detektif. Dilucuti dari kehidupan bergengsi mereka dan dilemparkan ke loteng kumuh, mereka menghadapi pengusiran jika mereka gagal mendapatkan kembali kekuatan mereka dalam tiga bulan ke depan.
Tantei Opera Milky Holmes bercerita tentang kelompok yang pernah legendaris dalam perjalanan mereka untuk memulihkan Mainan mereka, serta berusaha untuk melanjutkan garis pekerjaan mereka tanpa kekuatan yang pernah mendefinisikan karir mereka.
