Dunia telah damai sejak terbentuknya sistem Fractale. Didukung oleh terminal Fractale yang tertanam di tubuh mereka, orang-orang hidup dalam isolasi, bebas untuk fokus pada kepentingan mereka sendiri. Clain Necran menghabiskan hari-harinya mengumpulkan peninggalan teknologi dari masa sebelum Fractale diperkenalkan. Satu-satunya teman yang ia miliki adalah Doppel milik orang tuanya, atau klon holografik canggih.
Clain segera bertemu Phrynegadis manusia pertama yang pernah ia temuidan ia langsung tertarik padanya. Namun, Phryne sedang dikejar oleh kelompok anti-Fractale yang dikenal sebagai The Lost Millenium, dan ia meninggalkan artefak aneh dalam perawatan Clain sebelum menghilang. Menyadari bahwa ia perlu menyelamatkan Phryne dan mengembalikan barang-barangnya, Clain pun berangkat untuk menemukannya. Perjalanannya membawanya jauh ke dalam jantung sistem Fractale, di mana mempelajari kebenaran di baliknya menimbulkan bahaya yang lebih besar daripada yang dapat ia bayangkan.
