Di dunia yang dihuni oleh orang-orang yang hanya setinggi beberapa inci, dua wanita muda, Hakumei dan Mikochi, tinggal bersama di sebuah rumah yang dibangun di dalam pohon. Hakumei adalah seorang tukang kayu yang energik dan tomboy, sementara Mikochi adalah seorang penjahit yang feminin dan tenang. Terlepas dari perbedaan mereka, mereka akur dan menghabiskan hari-hari mereka dengan bersenang-senang menjalani kehidupan mereka di hutan.
Mereka berdua menghabiskan waktu mereka bekerja, melakukan petualangan wisata, dan berbelanja di Pasar Tsumiki di tepi laut. Mereka menjalin banyak pertemanan di sepanjang jalan, baik itu makhluk hutan yang berakal seperti Iwashi si Musang atau sesama manusia mini seperti penyanyi Konju dan penemu Sen.
Hakumei to Mikochi adalah gambaran santai tentang kehidupan sehari-hari karakter utamanya saat mereka menjelajahi dan berinteraksi dengan dunia kecil mereka yang tampak seperti langsung keluar dari dongeng.
