Pada Abad Universal 0079, Federasi Bumi dan Kerajaan Zeon bertempur di pihak yang berseberangan dalam Perang Satu Tahun yang mematikan. Dalam suatu pertempuran kecil, pilot Zeon yang terkenal, Char Aznable, berhasil menyusup ke markas musuh dan mencuri prototipe mobile suit bernama Gundam. Dengan senjata ampuh ini, Char membantu sekutunya meraih kemenangan telak. Namun, dalam sebuah kecelakaan aneh yang melibatkan teknologi canggih Gundam, Char menghilang bersama mobile suit merah khasnya.
Enam tahun kemudian, berbagai konflik terus berkecamuk. Amate “Machu” Yuzuriha, seorang remaja, tinggal di koloni luar angkasa yang tenang bersama ibunya. Meskipun teman-teman sekelasnya bersekolah di sekolah intensif yang melelahkan, Machu mendambakan kehidupan yang lebih seru. Keinginannya terkabul melalui pendaratan darurat Gundam QuuuuuuX, sebuah mobile suit canggih yang digunakan oleh pasukan tentara Zeon. Machu menemukan kecocokan alami dengan mobile suit tersebut, dan ia menggunakannya untuk menangkis pasukan Federasi. Ia dibantu oleh Shuuji Itou yang misterius, yang mengemudikan Gundam yang sangat mirip dengan yang pernah digunakan Char yang hilang.
Tanpa sepengetahuan Machu, perkelahiannya disaksikan oleh sekelompok penggemar mecha yang menggunakan mobile suit untuk bertarung secara duo dalam olahraga kompetitif. Dalam mengejar kehidupan yang mendebarkan dan hubungan antarmanusia, Machu bermitra dengan Shuuji dan terlibat dalam serangkaian pertempuran klan yang semakin sengit, sementara tanda-tanda konflik yang lebih besar membayanginya.
