Setelah kejatuhan terakhir Bakugan Naga yang jahat, perdamaian kembali ke Vestroia. Dengan bantuan Danma Kuusou, rekannya Pyrus Dragonoid, dan para Petarung lainnya, Inti Keabadian dan Inti Keheningan digabungkan dan dunia pun tercipta kembali.
Namun, Vestroia Baru tak akan tenang karena para penyerbu alien humanoid, para Vestal, tiba dan menaklukkan dunia Bakugan dalam satu serangan. Berbekal mesin mengerikan yang mampu mengubah Bakugan menjadi wujud bola mereka, mereka bertujuan untuk memperbudak ras tersebut sebagai bentuk hiburan.
Kini, satu-satunya kekuatan yang menghalangi mereka adalah Perlawanan Petarung Bakugan sekelompok manusia, Bakugan, dan Vestal yang menentang gagasan pemusnahan ras yang berakal. Dipimpin oleh Danma, mereka harus bertualang ke Vestroia Baru yang diduduki musuh dan mengusir para penyerbu, demi memastikan kelangsungan hidup seluruh dunia.
