Dunia Digital sedang dilanda perang, dengan Pasukan Bagra yang jahat berusaha mengumpulkan pecahan-pecahan Mahkota Kode. Siapa pun yang berhasil mengumpulkan semua 108 pecahan akan menjadi raja Dunia Digital. Sekelompok Digimon jahat, yang dikenal sebagai Pasukan Bagra, bertekad untuk mendapatkan Mahkota Kode.
Digimon Xros Wars menampilkan Taiki Kudou, seorang siswa SMP pecinta sepak bola yang selalu berusaha keras untuk membantu orang yang membutuhkan. Suatu hari, ketika sedang bepergian bersama teman-temannya, Akari Hinomoto dan Zenjirou Tsurugi, ia mendengar suara meminta tolong. Saat menyelidiki situasi tersebut, ia bertemu dengan seorang Digimon bernama Shoutmon yang terluka parah di gang terdekat. Menggunakan kekuatan alat aneh yang disebut Xros Loader, Taiki berhasil menyelamatkan nyawa Shoutmon, tetapi ia ditarik ke Dunia Digital bersama Akari dan Zenjirou.
Bertekad untuk tidak membiarkan Bagra yang jahat bertindak sesuka hatinya, Taiki dan teman-temannya bergabung dengan Shoutmon dan Digimon lokal lainnya untuk membentuk pasukan mereka sendiri yang dikenal sebagai Xros Heart. Kini, Xros Heart harus berjuang melintasi Dunia Digital untuk mengumpulkan pecahan Code Crown dan mengalahkan Pasukan Bagra. Namun, Taiki dan teman-temannya bukanlah satu-satunya manusia yang terjebak dalam perang monster ini.
