Puluhan tahun kemudian, umat manusia dikepung oleh ras alien yang dikenal sebagai Novas. Makhluk-makhluk tak manusiawi ini meninggalkan kehancuran setiap kali muncul, dan upaya untuk mencegah mereka dikenal sebagai Nova Clashes. Para perempuan muda yang dikenal sebagai “Pandora” dan laki-laki muda yang dikenal sebagai “Limiter” ditanamkan stigmata untuk memberi mereka kekuatan super dan dilatih di akademi militer, tempat mereka harus belajar bekerja sama jika umat manusia ingin bertahan hidup.
Freezing menceritakan kisah Kazuya Aoi saat ia memulai hari pertamanya di akademi militer West Genetics, tepat ketika pertempuran sengit sedang berlangsung melawan Pandora. Di sinilah ia salah mengira Satellizer el Bridget seorang Pandora kuat yang dikenal sebagai “Ratu Tak Tersentuh” sebagai mendiang adiknya dan memeluknya. Meskipun ia harus mengorbankan pertandingannya, Aoi menyadari bahwa sentuhannya tidak membuatnya menjauh dan memutuskan untuk menjadikannya sebagai Limiter. Satu-satunya pertanyaan adalah apakah kemitraan mereka dapat bertahan dari intrik para senior mereka dan pertempuran yang akan datang dengan Novas
