Shuuichi Nitori, siswa kelas lima yang banci, dianggap oleh sebagian besar orang sebagai salah satu gadis tercantik di sekolah, tetapi yang membuatnya kecewa, dia sebenarnya adalah laki-laki secara biologis. Untungnya, Shuuichi memiliki teman masa kecil yang memiliki perasaan ketidaknyamanan serupa terkait identitas gender: si tomboi kurus Yoshino Takatsuki, yang, meskipun secara biologis perempuan, tidak mengidentifikasi dirinya sebagai perempuan. Kedua sahabat ini berbagi rahasia serupa dan menemukan hiburan satu sama lain; Namun, kehidupan mereka menjadi lebih rumit ketika mereka harus menginjak perairan asing di sekolah baru, berusaha mencari teman baru, dan berjuang untuk mempertahankan teman lama. Dihadapkan dengan peluang yang hampir tidak dapat diatasi, mereka harus belajar menghadapi kenyataan pahit saat tumbuh dewasa, menjadi transgender, hubungan, dan penerimaan.
Dipuji sebagai pandangan serius terhadap identitas gender dan perjuangan LGBT, menurut Takako Shimura Hourou Musuko adalah tentang upaya Shuuichi dan Yoshino untuk menemukan jati diri mereka saat mereka memasuki masa pubertas, berteman, jatuh cinta, dan menghadapi beberapa pilihan yang sangat nyata dan sulit.
