Dengan lanskapnya yang indah dan rakyatnya yang makmur, Jepang Raya menjadi iri semua bangsa lain. Namun, ancaman serius mengintai di atas negeri itu. Para penjaga misterius yang dikenal sebagai Master Samurai adalah satu-satunya pertahanan Jepang Raya.
Atas perintah dewan siswa, samurai muda Muneakira Yagyuu tiba di Sekolah Akademik Buou. Dikelola oleh Keshogunan Tokugawa, di sini anak-anak prajurit diberikan pendidikan aristokrat yang dibutuhkan untuk menjalankan negara. Sekolah ini dipimpin oleh ketua dewan siswa Yoshihiko Tokugawa dan adik perempuannya, Sen, yang juga merupakan teman masa kecil Muneakira.
Setibanya di akademi, Muneakira mendapati dirinya berada di tengah pertarungan yang mengerikan. Di tengah kekacauan itu, langit dipenuhi cahaya putih yang aneh dan seorang gadis misterius bernama Juubei Yagyuu muncul dan tiba-tiba mencium Muneakira. Dengan ciumannya, gadis itu membangkitkan kekuatan tak dikenal yang melindungi mereka.
Siapakah gadis ini, dan dari mana asalnya? Muneakira mendapati dirinya terjerat dalam nasib negara dan ancaman yang akan mengguncang Jepang Raya hingga ke akar-akarnya. Ia harus mempelajari rahasia di balik Master Samurai dan ciuman yang membangkitkan kekuatan Juubei demi melindungi negaranya.
