Letnan Dua Kei Agemaki, putra seorang jenderal terkenal, telah menyembunyikan ketakutannya yang ekstrem terhadap makhluk paranormal sepanjang hidupnya. Namun, ketika dia dan dua orang lainnya ditugaskan kembali untuk tinggal dan bekerja dengan youkai di Kementerian Urusan Roh, dia dibawa bertatap muka dengan mimpi terburuknya. Sekarang dengan bantuan roh rubah Kushimatsu, dia dan rekan-rekan perwiranya harus belajar bekerja bersama gadis youkai Zakuro, Susukihotaru, Hoozuki, dan Bonbori untuk menyelesaikan kasus paranormal.
Bertempat di tengah-tengah versi alternatif Westernisasi Jepang, Otome Youkai Zakuro mengeksplorasi bentrokan dan persatuan yang dapat terjadi ketika timur bertemu barat, lokal bertemu asing, dan perempuan bertemu laki-laki. Aliansi yang tidak biasa dari para gadis youkai dan perwira manusia harus belajar untuk bekerja sama di dunia yang berubah di sekitar mereka.
