Jauh di bawah permukaan Southern Cross Isle, sebuah organisasi misterius yang dikenal sebagai Glittering Crux Brigade sering berkumpul di benteng bawah tanah mereka. Kelompok ini sangat tertarik pada “Cybodies”, raksasa batu yang dapat berubah menjadi humanoid pertempuran besar-besaran tetapi hanya di alam yang dikenal sebagai “Zero Time”. Dengan menemukan dan menghancurkan segel empat gadis anjing laut di pulau itu, Glittering Crux berharap bisa melepaskan diri dari Zero Time dan menggunakan Cybodies di mana pun mereka mau.
Suatu malam, seorang pemuda bernama Takuto Tsunashi terdampar di pantai pulau dan diselamatkan oleh Sugata Shindou dan tunangannya Wako Agemaki, salah satu gadis anjing laut pulau itu. Setelah dia terbangun, Takuto dengan cepat berteman dengan keduanya dan mulai mendaftar di akademi lokal, di mana banyak teman siswanya diam-diam menjadi anggota Glittering Crux. Namun, Takuto menyimpan rahasia: ketika di Zero Time, dia dapat menggunakan Cybody miliknya sendiri the Tauburn. Dalam pertempuran yang akan datang, Takuto dan Tauburn akan menjadi kunci untuk mencegah Glittering Crux menghancurkan segel Wako dan mewujudkan ambisi jahatnya.
