Bertahun-tahun yang lalu, setelah berakhirnya perang dunia yang berdarah, umat manusia berlindung di enam negara kota yang damai dan sempurna… setidaknya di permukaan. Namun, Shion seorang penduduk elit negara kota No. 6 mendapatkan perspektif baru tentang dunia tempat dia tinggal, berkat pertemuan tak sengaja dengan seorang anak laki-laki misterius, Nezumi. Nezumi ternyata hanyalah salah satu dari banyak orang yang tinggal di gurun tandus di luar tembok utopia yang seharusnya. Tetapi meskipun mengetahui bahwa anak laki-laki itu adalah buronan, Shion memutuskan untuk membawanya menginap semalaman dan melindunginya, yang mengakibatkan konsekuensi drastis: karena tindakannya, Shion dan ibunya kehilangan status mereka sebagai elit dan dipindahkan ke tempat lain, dan sisi gelap kota mulai menampakkan dirinya.
Kini, setelah sekian lama sejak pertemuan pertama mereka yang mengubah hidup, Shion dan Nezumi akhirnya dipertemukan kembali mantan elit dan bocah buronan itu akan memulai petualangan yang pada akhirnya akan mengungkap rahasia mengerikan dari Nomor 6.
