Daikichi Kawachi adalah seorang bujangan berusia 30 tahun yang bekerja di pekerjaan terhormat tetapi menjalani hidup tanpa tujuan. Ketika kakeknya tiba-tiba meninggal dunia, ia kembali ke rumah keluarga untuk memberi penghormatan terakhir. Sesampainya di rumah, ia bertemu dengan seorang gadis muda misterius bernama Rin yang, yang membuat Daikichi terkejut, adalah putri haram kakeknya!
Gadis yang pemalu dan sulit didekati itu dianggap sebagai aib bagi keluarga, dan mendapati dirinya dikucilkan oleh kerabat ayahnya, yang semuanya menolak untuk merawatnya setelah kematian ayahnya. Daikichi, marah atas sikap dingin mereka terhadap Rin, mengumumkan bahwa ia akan mengadopsinya meskipun ia adalah seorang pria muda lajang tanpa pengalaman mengasuh anak sebelumnya.
Usagi Drop adalah kisah perjalanan Daikichi dalam menjadi seorang ayah saat ia membesarkan Rin dengan sifatnya yang lembut dan penuh kasih sayang, serta eksplorasi kehangatan dan saling ketergantungan yang menjadi inti dari keluarga yang bahagia dan erat.